この群島の最初の居住者は、たぶん紀元前500年頃セイロン（現在はのスリランカ）、および南インドから来たと思われる。
しかしモルディブは紀元前2000年からいくつかの海洋国の貿易の交差点として知られていた、との学説も多い。
これらの海洋国の一つが十分長く滞在し、レディンとなったと信じられている。伝説的な太陽崇拝の人々である。悪魔の精神、霊魔を含んだ彼らの信仰や慣習の遺産は今日なお残っている。
レディンは紀元500年頃去ったか、セイロンから来た仏教徒やインドから来たヒンズー教徒によって併合された。島々は非常に小さく建築材料は制限されていたため、人々は重要な建築物を以前の居住者の基礎の上に建てた。これは何故モルディブの多くのモスクがメッカではなく太陽を向いているかを説明している。
特にカラフルで血なまぐさい伝説によると、北アフリカのアラブ人アブ・アル・バラカットは、マレで処女を餌食としていた海の霊魔を退治し、モルディブをイスラム教に改宗する事に信用された。
実際に起こったことが何であれ、モルディブの国王はイスラム教に熱中し、バカラットは後に最初のスルタンとなった。一連の6つのスルタン王朝が続いた。全部で84のスルタンとスルタンの王妃である。
ポルトガルが最初にやって来たのは16世紀だった。その時モルディブでは実際に2つの王朝があった。マレとヒラリである。
ポルトガルはインド洋の利益の上がる貿易ルートのもっと大きいシェアを得ようとした。マレに要塞 と設備を建設する許可を得た。しかしポルトガルはまもなくモルディブからもっと多くのものを得ようとした。
1558年、アンドレアス・アンドレは侵略軍を率い、彼にマレの支配を許したスルタン・アリ5世を殺した。そして15世紀にはモルディブの大部分を支配した。島の長モハメエド・タクルファーンがポルトガルの主要守備隊を攻撃し多くを殺した時、ポルトガルの占領は1573年に終わった。
17世紀には、モルジブはオランダの保護下にあり、後にイギリスの保護下に入った。しかし 諸島が離れており、状況が芳しくないため、植民地の統治下には入らなかった。1860年代、ボンベイからのBorah商人がマレに倉庫と店を開設した。そして急速に外国貿易においてほとんど排他的な独占権を得た。
スルタン・モハメッド・ムエーヌディン2世は Borahの経済支配にいやになり、1867年イギリスとの契約に調印した。それは諸島の完全な独立を保証するというものだった。モルディブは後に、防衛の便宜の代わりにイギリスの保護国となった。
サルタンの地位は1932年、諸島の最初の憲法によって世襲の地位から選挙で選ばれるようになった。1953年、サルタンの地位は廃止され、アミン・ディディを大統領とする共和制が宣言された。
一年も経たない内に、ディディは打ち倒された。サルタンの地位は回復し、モハメッド・ファリド・ディディが第94代のスルタンとなった。
その頃イギリスはその戦争の飛行場をアッドゥ環礁のガン島に再建する許可を獲得した。 1956年、英国空軍は、数百人のモルディブ人を雇い、ガン島人の再定住を企て、基地を中間着陸地として開発し始めた。
しかし1957年イブラヒム・ナシールが首相に選ばれるとただちに、その貸与を短くし、年間リース料の増額を要求し、協定の見直しを求めた。
これは、イギリスは地元人の雇用を止めろというナシールの要求に反対したアッドゥとスヴァディヴァ（フヴァドゥ）環礁の居住者によって政府に対する暴動を引き起こした。
イギリスのプレゼンスの影響によって、彼らは全く関係をを絶つことを決定し、独立国家を作った。
1962年ナシールは南の環礁に砲艦を送り、反乱は鎮圧された。イギリスはその後すぐに島の主権を認め、1965年モルディブは独立を得た。
1968年の国民投票で、スルタンは再び廃止され、新しい共和制がナシールを大統領として始まった。彼の独裁的な支配は10年後に、彼の生命が脅かされ、シンガポールに亡命した時、終わった。
マユムーン・アブドル・ガユームが大統領に当選した。ガユームは、400人以上のスリランカのタミール人傭兵が不満を抱いたモルディブのビジネスマンに雇われモルディブに潜入した1980年、1988年のクーデターの試みにもかかわらず、それ以来現在まで権力の座にある。
彼は、教育、保健、産業（特に観光）を大きく発展させた。しかし生活をもっと伝統的な方法に戻そうとするイスラム教原理主義者、政府の利害としばしば衝突する地元のビジネス界など彼の反対派も多い。